Un nuovo database di metadati metagenomici terrestri microrganismi, come batteri, organismi monocellulari e nematodi, è stato realizzato da un team di ricercatori che ha pubblicato il proprio studio su Nucleic Acids Research.
I ricercatori hanno filtrato i dati da 2 set di dati preesistenti, repository MG-Rast e Sequence Read Archive (SRA).
Hanno quindi riunito 15.022 set di dati metagenomici raccolti da campioni provenienti da foreste o dal sottosuolo di 84 paesi.
Tra i metadati ci sono le coordinate geografiche, il valore del pH del suolo, le temperature, eccetera, reperite secondo metodi standard.
“Il database dei metadati aiuta i ricercatori il cui lavoro si concentra sull’ambiente terrestre e che desiderano incorporare dati di questo tipo nel proprio lavoro”, raDichiarano i ricercatori.
Un esempio di utilizzo: invece di eseguire esperimenti complessi in laboratorio sulla CO2 oppure per stabilire l’effetto dei pesticidi nei confronti delle comunità microbiologiche, ora gli scienziati possono consultare un database come questo per capire se una ricerca del genere è già stata effettuata e per utilizzare quei dati a proprio vantaggio e velocizzare la propria ricerca.
Il nuovo database di metadati, denominato TerrestrialMetagenomeDB e realizzato dall’Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung, sarà liberamente disponibile da novembre.
Approfondimenti
- TerrestrialMetagenomeDB: a public repository of curated and standardized metadata for terrestrial metagenomes | Nucleic Acids Research | Oxford Academic (IA) (DOI: XX10.1093/nar/gkz994X)
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