
Un nuovo database di metadati metagenomici terrestri microrganismi, come batteri, organismi monocellulari e nematodi, è stato realizzato da un team di ricercatori che ha pubblicato il proprio studio su Nucleic Acids Research.
I ricercatori hanno filtrato i dati da 2 set di dati preesistenti, repository MG-Rast e Sequence Read Archive (SRA).
Hanno quindi riunito 15.022 set di dati metagenomici raccolti da campioni provenienti da foreste o dal sottosuolo di 84 paesi.
Tra i metadati ci sono le coordinate geografiche, il valore del pH del suolo, le temperature, eccetera, reperite secondo metodi standard.
“Il database dei metadati aiuta i ricercatori il cui lavoro si concentra sull’ambiente terrestre e che desiderano incorporare dati di questo tipo nel proprio lavoro”, raDichiarano i ricercatori.
Un esempio di utilizzo: invece di eseguire esperimenti complessi in laboratorio sulla CO2 oppure per stabilire l’effetto dei pesticidi nei confronti delle comunità microbiologiche, ora gli scienziati possono consultare un database come questo per capire se una ricerca del genere è già stata effettuata e per utilizzare quei dati a proprio vantaggio e velocizzare la propria ricerca.
Il nuovo database di metadati, denominato TerrestrialMetagenomeDB e realizzato dall’Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung, sarà liberamente disponibile da novembre.
Approfondimenti
- TerrestrialMetagenomeDB: a public repository of curated and standardized metadata for terrestrial metagenomes | Nucleic Acids Research | Oxford Academic (IA) (DOI: XX10.1093/nar/gkz994X)
Articoli correlati
- Una manciata di batteri domina il suolo della terra
- Esistono 57 miliardi di nematodi per ogni umano
- Microbi hanno abitato profondità del suolo non più di 1 miliardo di anni fa secondo studio
- Batteri della tubercolosi bovina possono sopravvivere in amebe nel suolo e nello sterco
- Scoperto nuovo batterio del suolo che degrada composti organici anche del carbonio
- Scoperti microbi che si nutrono di sostanze prodotte da cataclismi sotterranei
- Fumiganti non sono poi così dannosi per la salute del suolo secondo studio
- Antibiotici per bestiame, effetto sconcertante sul terreno scoperto da scienziato