Scienziati creano simulazione di un miliardo di atomi di un intero gene

Un gruppo di ricercatori del Los Alamos National Laboratory ha creato quella che è stata definita come la più grande simulazione di un intero gene del DNA al computer. La simulazione ha modellato più di un miliardo di atomi.
La ricerca, i cui risultati sono stati pubblicati sul Journal of Computational Chemistry, potrebbe risultare utile per capire meglio il DNA ad una maggiore livello di dettaglio: “vogliamo capire esattamente come i geni si accendono e si spengono”, dichiara Karissa Sanbonmatsu, biologa strutturale a Los Alamos.

In particolare i ricercatori intendono capire come il DNA si espande (geni attivati) e si contrae (geni disattivati).
Per realizzare questa enorme simulazione i ricercatori hanno usato il supercomputer Trinity, presente negli stessi laboratori di Los Alamos, considerato come il sesto computer più veloce del mondo. Tra l’altro questo computer è utilizzato anche per garantire la sicurezza delle scorte nucleari degli Stati Uniti.

Nonostante la grande potenza computazionale, simulare il DNA a questi livelli di dettaglio non è stato semplice ma gli stessi ricercatori intendono comunque fare ancora più progressi, come riferisce Anna Lappala, fisica a Los Alamos: “In futuro, saremo in grado di utilizzare i supercomputer exascale, che ci daranno la possibilità di modellare il genoma completo.”

Fonti e approfondimenti

• Scientists create first billion-atom biomolecular simulation (IA)
• Scaling molecular dynamics beyond 100,000 processor cores for large‐scale biophysical simulations – Jung – – Journal of Computational Chemistry – Wiley Online Library (IA) (DOI: 10.1002/jcc.25840)

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