Scoperte 5500 nuove specie di virus a RNA da campioni oceanici

Credito: SeagullNady, Pixabay, ID: 3674459

Circa 5500 nuove specie di virus a RNA sono state scoperte da alcuni campioni di acqua prelevati dagli oceani in varie parti del mondo. I ricercatori hanno inserito le nuove specie in cinque nuovi phylum. Uno degli autori principali dello studio è un professore di microbiologia della Ohio State University, Matthew Sullivan.[1] I ricercatori hanno pubblicato il proprio studio su Science.[2]

Studiamo solo una piccola fetta di virus a RNA

Lo stesso Sullivan spiega quanto il mondo della ricerca studi solo “una piccola fetta” di virus a RNA esistenti, di solito quelli che infettano proprio esseri umani oltre alle piante e agli animali. Tuttavia in questo studio i ricercatori hanno voluto approfondire in maniera sistematica un ambiente, quello delle profondità oceaniche, a cui di solito non si dedica molta attenzione quando si vogliono scoprire nuove specie di virus.

Virus possono influenzare anche i batteri

In particolare risultano molto interessanti i virus che interagiscono, e che a volte “infettano”, i batteri. Questi virus sono molto importanti perché possono influenzare diverse funzioni degli stessi batteri, ad esempio le modalità con le quali i batteri gestiscono il proprio apporto di energia. Di conseguenza questi virus, anche se non infettano direttamente gli esseri umani o gli altri animali, possono comunque influenzare le modalità con le quali i batteri trasferiscono i propri geni da un essere vivente all’altro.
È quindi importante anche capire come i virus negli oceani si adattino ai cambiamenti climatici anche perché gli stessi oceani assorbono circa la metà di tutta l’anidride carbonica che l’uomo genera e che immette nell’atmosfera.

Cinque nuovi phylum: Taraviricota, Pomiviricota, Paraxenoviricota, Wamoviricota e Arctiviricota

I ricercatori hanno raggruppato i nuovi 5500 virus in cinque nuovi phylum: Taraviricota, Pomiviricota, Paraxenoviricota, Wamoviricota e Arctiviricota. In particolare il phylum Taraviricota risulta molto interessante in quanto presenta delle specie molto abbondanti, in particolare nell’oceano Artico, un’area oceanica abbastanza sensibile ai cambiamenti climatici in corso.

Centinaia di migliaia di nuove specie di virus in pochi anni

Il team di Sullivan si sta impegnando da diversi anni nel catalogare i virus oceanici. Basti pensare che da poche migliaia catalogate nel 2015 si è passati a più di 200.000 nuove specie. I ricercatori hanno eseguito le identificazioni estraendo sequenze di geni espressi negli organismi marini e riducendo l’analisi alle sequenze di RNA che presentavano un gene caratteristico denominato RdRp. Si tratta di un gene che si è evoluto nel corso di miliardi di anni nei virus a RNA e che non è presente in altri tipi di virus o cellule. Questo gene molto antico esisteva prima che ci fosse bisogno dello stesso DNA, spiega Ahmed Zayed, microbiologo della Ohio State, altro autore principale dello studio nonché responsabile di ricerca nell’Istituto EMERGE.

Apprendimento automatico

I ricercatori hanno fatto ricorso l’apprendimento automatico, in particolare algoritmo dell’intelligenza artificiale, per analizzare le 44.000 nuove sequenze, una tecnica che potrebbe essere utilizzata per classificare in maniera più accurata le sequenze di virus a RNA già catalogate. “Abbiamo creato un modo riproducibile dal punto di vista computazionale per allineare quelle sequenze”, spiega ancora Sullivan.

Note e approfondimenti

  1. Ocean water samples yield treasure trove of RNA virus data
  2. Virus marini criptici e abbondanti alle origini evolutive del viroma dell’RNA terrestre (DOI: 10.1126/science.abm5847)

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